员工工伤休息期间公司发放工资的过程中，可能存在以下法律风险点：
1. 公司拖欠或克扣停工留薪期工资的风险：例如，员工因工受伤后，公司以“未参保”“工伤认定未完成”为由，连续3个月未发放工资，员工可申请劳动仲裁要求公司支付拖欠的工资及经济补偿金。
2. 停工留薪期认定争议的风险：例如，员工的医疗休息证明建议休息6个月，但公司仅认可3个月，双方因停工留薪期时长产生争议，若员工未申请劳动能力鉴定委员会确认，可能导致少发3个月的工资。
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针对员工工伤休息期间公司如何发放工资的问题，核心需结合停工留薪期规定及实际情况判断。
员工工伤休息期间的工资发放以停工留薪期为核心，原工资福利待遇不变由公司按月支付。

1. 若员工已被认定为工伤且处于停工留薪期内：公司需按员工受伤前的原工资福利待遇（含基本工资、绩效奖金、津贴等）按月足额发放，不得降低标准。
2. 若员工尚未完成工伤认定：公司应先按病假工资标准临时发放，但工伤认定后需补足停工留薪期内的工资差额（原工资与病假工资的差值）。
3. 若员工停工留薪期满后仍需治疗：经劳动能力鉴定委员会确认延长的，公司继续按原工资发放；未确认延长的，按病假工资或伤残待遇执行。
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员工工伤休息期间公司发放工资的直接回复，可依据《工伤保险条例》的明确规定进行法律适用分析。
根据2010年修订的《工伤保险条例》第三十三条：“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。” 员工工伤休息期间处于停工留薪期，公司需按此条款执行。这里的“原工资福利待遇”指员工受伤前正常工作期间的全部收入，包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴等。若公司未依法缴纳工伤保险，仍需按该条款支付工资，因为该义务是用人单位的法定责任，与是否参保无关。综上，员工工伤休息期间，公司应按月足额发放原工资福利待遇。
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员工工伤休息期间公司发放工资的处理，存在一些特殊情况或例外情形，会对结果产生影响：
1. 公司未依法缴纳工伤保险：此时公司需承担全部停工留薪期工资，且无法通过工伤保险基金报销相关费用，员工可直接向公司主张工资，无需等待社保部门支付。
2. 员工因故意自伤或醉酒导致受伤：根据《工伤保险条例》规定，此类情况不认定为工伤，员工不享受停工留薪期待遇，公司仅需按病假工资标准发放（若符合病假条件）。
3. 停工留薪期满后仍需治疗：经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认延长的，公司继续按原工资发放；未确认延长的，员工需按病假处理，工资标准可能降低（如按当地最低工资的80%发放）。

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